用scanpy对pbmc示例数据进行单细胞数据分析流程学习

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Published on December 28, 2024 | 44 min read

AnnData数据结构学习，学习scanpy单细胞分析的前置知识。

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Published on December 27, 2024 | 25 min read

泌尿系统感染又称尿路感染，是肾、输尿管、膀胱和尿道等泌尿系统各个部位感染的总称。本文为泌尿系统指南概述，主要阐述指南对于泌尿道感染治疗的原则，包括多重耐药菌的治疗等，本指南的适用范围为成人泌尿系统非特异性感染性疾病。没有包括泌尿系统结核泌尿系统寄生虫病、性传播疾病、生殖系统感染、儿童泌尿系统感染。

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Published on September 08, 2024 | 0 min read

前列腺癌(PCa)是男性泌尿生殖系统中最常见的恶性肿瘤，按世界卫生组织(WHO)2018年GLOBOCAN统计，在世界范围内，其发病率在男性所有恶性肿瘤中位居第2位，仅次于肺癌。

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Published on August 07, 2024 | 0 min read

临床文章中经常出现的OS、PFS、DFS等临床试验终点之间有什么不同？各自用于什么情况？本文对其进行了归纳总结。

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Published on July 30, 2024 | 6 min read

Git使用中的最常用的命令，配上详细解释的菜鸟教程，不只是代码管理，只要是文本性的文件管理都会很适合。

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Published on July 26, 2024 | 5 min read

Seurat流程是单细胞分析的最基础的一步，几乎所有的分析都建立在其基础之上，目前Seurat从V4升级到了V5版本，数据结构增加了layer层的概念，标准分析流程也有一些小的改动，比如采用SCTransform包替代 NormalizeData(), ScaleData()和FindVariableFeatures()进行标准化。

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Published on July 25, 2024 | 21 min read

Sumatra PDF 是一款开源的pdf阅读器，启动异常迅速，几乎没有启动过程，程序界面直接呈现。不需要扫码登陆，不需要充值，自定义插件，体积小巧，速度飞快；对于大文件比如pdf格式的教材、工具书来说用它来打开最适合不过了；但是英文的帮助文档有些不太友好，对于新手来说一些好用的功能没有被发掘出来，使用体验会打折扣，所以整理一些Sumatra PDF 中常用到的一些快捷键和功能，让你使用起来更加得心应手。

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Published on July 20, 2024 | 4 min read

data.table是R语言中一个非常重要的包，它可以极大地提高数据处理的效率。其对大型数据的处理速度不仅远远强于baseR的data.frame,也显著强于tidyverse中的tibble,同样强于python中的pandas,本文将介绍data.table的一些基本用法。

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Published on July 14, 2024 | 76 min read

全是文字的文章看起来难免有些单调，不如搞一些小标识用来做一些小点缀吧，知道原理之后制作起来也很简单。

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Published on July 13, 2024 | 3 min read

《中国泌尿外科和男科疾病诊断治疗指南》是泌尿大佬们多次修订汇编而成的权威著作，是每个临床泌尿外科医生人手必备的工具书。在后续的指南阅读笔记中，将一起学习并进行笔记记录。笔记内容主要参考2022版指南（电子版）。

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Published on May 08, 2024 | 0 min read

clusterProfiler包是南方医科大学余光创教授开发的R包，用于分析基因富集分析结果，包括GO富集分析、KEGG富集分析、GSEA富集分析等。本文将介绍如何使用clusterProfiler包进行GSEA分析。

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Published on May 04, 2024 | 5 min read

fgsea快速富集分析，其实clusterProfiler包中的gsea分析也是基于fgsea，但是只能在GO和KEGG数据库上进行分析，而fgsea可以支持任意的基因集。

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Published on May 04, 2024 | 4 min read